奶水牛繁殖力低、世代間隔長，常規(guī)育種工作周期長，效率低。在奶牛育種與繁殖研究室崗位專家劉學洪教授主導下，2011年10月22日和11月10日兩次到騰沖縣采取檳榔江水牛耳樣進行水牛基因分析，找出控制檳榔江水牛產奶性狀所的基因組合片段，進一步研究基因組合片段圖譜與檳榔江水牛產奶量高低的關系，反過來應用檳榔江水�；�因組合片段圖譜指導檳榔江水牛的選育，通過對犢牛出生后進行基因組合片段圖譜測定，在犢牛階段即可初步判定該牛的終生產奶量，提前進行選擇淘汰，提高育種效率，降低飼養(yǎng)成本。檳榔江水牛應用奶牛的多基因輔助育種，以獲得具有我國自主知識產權產奶量高的優(yōu)質新品種，為我國奶水牛業(yè)健康、持續(xù)、高效發(fā)展提供強有力的技術支撐。

利用DNA分子標記可有效檢測和控制種群近交速率，進行親子鑒定。有效防止因高度近交導致基因丟失，致使品種衰亡。

通過對奶牛基因組合片段圖譜的研究，控制奶牛產奶性能的是特定染色體區(qū)域的微效多基因群，這些基因群通過單個效應及互作效應控制奶牛產奶性狀的遺傳，基因的堿基順序的差異，影響奶牛產奶量的高低。認識和研究這些重要的經濟性狀基因的定位，必將為奶牛育種和畜牧業(yè)生產帶來巨大的經濟效益和社會效益。